Lygumuose pirmoji parapijinė mokykla jau veikė nuo 1805 metų. Žiemą vaikai mokėsi klebonijoje. Jų buvo 10. Vaikus mokė I. Turbavičius. Mokyklą išlaikė klebonas. 1821 m. mokyklą lankė 12 vaikų, vaikus mokė J. Švagždavičius. Mokykla buvo įsikūrusi prieglaudoje. Buvo mokama skaitymo, rašymo, katekizmo. 1827 – 1828 metais parapijinėje mokykloje mokėsi 30 vaikų. Mokytojas – Padirvinskas Banifacijus, o 1847 metų duomenimis mokykloje buvo 19 mokinių. Ši parapijinė mokykla veikė iki 1861 metų. Tuomet mokėsi 40 berniukų ir 5 mergaitės. Apie šią mokyklą sužinojo Vilniaus apskrities mokslo globėjas, pranešė generalgubernatoriui N. Muravjovui, kuriuo įsakymu mokykla buvo uždaryta.
Po 1863 – 1864 metų sukilimo, uždraudus spaudą lotynišku raidynu ir mokymą lietuvių kalba,buvo stegiamos valdinės mokyklos, kuriuose buvo mokoma rusų kalba. Tokia mokykla 1865 metais buvo atidaryta Vilūnaičiuose. Mokytojavo I. Smelneckis, A. Lebedevas, N. Ostankevičius, M. Šaviro, I. Mocevičius, Vera Araškevič ir D. Keller.
1866 m. valdinė mokykla buvo atidaryta Sereikiuose. Vaikus mokė Piotras Teterskis, P. Arsenjevas, N. Ignatavičius, A. Vireliūnas.
Lygumuose tokios valdinės mokyklos nebuvo, todėl vaikai buvo mokomi slaptose namų mokyklose. 1875 – 1878 metais vaikus mokė E. Mankašauskienė. Tai buvo 6 – 7 metų vaikai. Vaikus mokė skaityti, dainuoti, giedoti, kalbėti poterius.E. Mankašauskienė buvo savamokslė, gyveno Armonaičiuose. Vėliau vaikus skaityti ir tikėjimo tiesų mokė Daukšienė. Motinai susirgus, jos darbą tęsė 16 metų sūnus Leonardas, kuris mokėsi Liepojos gimnazijoje ir dėl ligos jos nebaigė. 1897 – 1898 m. jis slapta mokė lietuviškai 7 – 15 metų vaikus: lietuvių, lenkų, rusų rašto ir maldų. L. Daukša mokė berniukus, kad jiems kariuomenėje būtų lengviau užrašyti ant voko, perskaityti, kas užrašyta. 1898 m. mokykla buvo susekta. Tuo metu ten mokėsi 19 vaikų. Buvo atimtos maldaknygės, elementoriai, o L. Daukša uždarytas 4 parom arešto. Vaikų tėvai turėjo sumokėti baudą. Po arešto L. Daukša sunkiai susirgo. Vėliau tęsė darbą, platino lietuviškas knygas ir spaudą. Per pirmąjį pasaulinį karą buvo išvykęs į Rusiją. Vėliau 1918 – 1920 m. vėl grįžo į Lietuvą, dalyvavo visuomeninėje veikloje, buvo išrinktas (1920 m.) Lygumų valsčiaus komiteto pirmininku.
Lygumuose valdinė pradžios mokykla buvo įkurta 1905 m.. Vaikus mokė J. Ūsas, baigęs Veiverių mokytojų seminariją. Tai patvirtina ir „Lietuvos ūkininkas“ . 1907 m. lapkričio mėn. 18d. numeryje yra straipsnelis ir mokytojo J. Ūso parašyta, kad 1907 m. Lygumų vienkoplektinėje mokykloje mokosi 80 vaikų.
1913 metais Lygumuose mokytojavo G. Orlovas, S. Laikun, tikybą dėstė kun. I. Veblauskas. 1919 m. Lygumų pradžios mokykloje dirbo I. Lipštas ir J. Ascevičiūtė. Mokėsi 80 vaikų. Mokykla buvo įsikūrusi valsčiaus pastate.
1920 – 27 metai. Mokyklos vedėjas Kazimeras Klupšas – savamokslis. Mokytojai: T.Klupšienė – savamokslė, F.Prižgintaitė baigusi 6 gimnazijos klases. Mokėsi jau 123 mokiniai.
1927 – 29 metai mokyklos vedėjas Antanas Šimkevičius. Mokytojai F. Prižgintaitė, D. Braukilaitė. A. Šimkevičius atleistas 1929 m. , kaip neturintis pradžios mokslo mokytojo cenzo.
Nuo 1929 – 1936 metų Lygumų pradžios mokyklos vedėjas L. Bajarskas. Nuo 1932 m. M. Bojarskienė. Mokytojos: D.Bubelienė ir P.Judaitytė . Mokėsi 83 mokiniai. Mokytojai labai aktyviai dalyvavo miestelio kultūriniame gyvenime.
1936 – 1939 m. mokyklos vedėjas P. Kučas. Mokytojai: M.Bajarskienė , D.Bubelienė , B.Avižienis . vyko aktyvus darbas mokykloje. Mokiniai vyko į ekskursijos po Klaipėdą, Žemaitiją. Tuo metu mokėsi 163 mokiniai.
Nuo 1938 m. veikė 4 komplektai Lygumų pradžios mokykloje. Dirba mokytoja B. Kenstavičiūtė.
1941 – 44 m. A. Padagas – mokyklos vedėjas. Mokytojai: E. Padagienė, O. Namėdienė, O. Guntienė, M. Bekeris.
1949-1952 m. veikė progimnazija.
1952 m. atidaroma vidurinė mokykla.
1956 m. išleista pirmoji abiturientų laida.
1964 – 66 m. pastatytas dabartinis mokyklos pastatas .
1979 m. baigtas statyti priestatas: sporto salė, valgykla, įrengti fizikos, chemijos kabinetai, mokyklos biblioteka.
1980 – 1991 m. direktorius K. Kubilius.
1991 – 1998 m. direktorė V. Kirnienė, pavaduotoja J. Korsakienė.
1998 – 2001 m. direktorius R.Valantinas, pavaduotoja J. Korsakienė.
2001 m. direktorė J. Korsakienė, pavaduotojai A. Gasiūnienė, R. Valantinas. Mokosi 350 mokinių.
2010/2011 m.m. direktorė J. Korsakienė, pavaduotoja ugdymui A. Gasiūnienė. Mokosi 259 mokinių.
2011/2012 m.m. direktorė J.Korsakienė, pavaduotojos ugdymui A.Gasiūnienė ir J.Lemežonaitė. Mokosi 238 mokiniai.
2012/2013 m.m. direktorė J.Korsakienė, pavaduotojos ugdymui A.Gasiūnienė ir J.Lemežonaitė. Mokosi 213 mokinių.
2013/2014 m.m. direktorė J.Korsakienė, pavaduotoja ugdymui A.Gasiūnienė. Mokosi 189 mokiniai.
Nuo 2014 m. rugsėjo 1 d. Lygumų vidurinė mokykla reorganizuota į pagrindinę mokyklą.
2014/2015 m.m. direktorė J.Korsakienė, pavaduotoja ugdymui A.Gasiūnienė. Mokosi 189 mokiniai.
2015/2016 m.m. direktorė J.Korsakienė, pavaduotoja ugdymui A.Gasiūnienė. Mokosi 127 mokiniai.
2016/2017 m.m.direktorė J.Korsakienė, pavaduotoja ugdymui A.Gasiūnienė. Nuo 2016 m. rugsėjo 1 d. įkurta ikimokyklinio ugdymo grupė ir mokykloje mokosi 142 mokiniai.
2017/2018 m. m. pavaduotoja ugdymui, atliekanti direktoriaus funkcijas A. Gasiūnienė. Mokosi 147 mokiniai, iš jų 19 – ikimokyklinio ugdymo grupėje, 9 – priešmokyklinio ugdymo grupėje.
2017/2018 m. m. pavaduotojas ugdymui, Šukionių Jono Noreikos filialo vadovas M. Bulaitis. Mokosi 54 mokiniai, iš jų 5 – priešmokyklinio ugdymo grupėje.
2018-2019 m.m. direktorė A. Gasiūnienė. Mokosi 1-10 klasėse 125 mokiniai. Priešmokyklinio ugdymo grupėje – 12 vaikų, ikimokyklinio ugdymo grupėje – 20 vaikų. Šukionių Jono Noreikos filialo vadovas M.Bulaitis.
2019-2020 m.m. direktorė A.Gasiūnienė, pavaduotoja ugdymui L.Rutkevičienė. Mokosi 1-10 klasėse 126 mokiniai. Priešmokyklinio ugdymo grupėje ugdomi 6 vaikų. Pastatytas modulinio darželio pastatas, jame įsikūrė antra ikimokyklinio ugdymo grupė (2-3 m.) 15 vaikų. 4-5 m. ikimokyklinio ugdymo grupėje ugdoma 20 vaikų.
2020-2021 m.m. direktorė A.Gasiūnienė, pavaduotoja ugdymui L.Rutkevičienė. Mokosi 116 mokinių. Priešmokyklinio ugdymo grupėje ugdosi 12 vaikų. Dviejuose ikimokyklinio ugdymo grupėse ugdomi 35 vaikai.
2021-2022 m.m. direktorė A.Gasiūnienė, pavaduotoja ugdymui L.Rutkevičienė. Mokosi 114 mokinių. 9-10 kl. mokiniai technologijų mokosi pagal pirminio profesinio mokymo modulius. Priešmokyklinio ugdymo grupėje ugdosi 11 vaikų. Pastatomas dar vienas modulinio darželio pastatas: trijose (2-3m., 3-4 m. ir 4-5 m.) ikimokyklinio ugdymo grupėse ugdomi 55 vaikai.